公元1918年，南庆仁堂药店开张营业。取“庆有延年益寿，仁心普济万方”之意。以后又陆续开设了虎坊桥西庆仁堂、东四北庆仁堂、白塔寺大和堂、前门大街庆颐堂等。不到十年光景庆仁堂发展成为拥有七家联号的京城大字号药店，并在祁州（河北安国）建有分号，以前店后厂方式经营：“庆仁堂药目”辑16门658种方剂，经营品种以“第一灵丹”“蔬风定痛丸”等药较闻名。

解放后于1954年公私合营，改前店后厂式经营为专门的零售药店，保留部分来方加工业务。南庆仁堂多年的严格管理和优质的服务为其赢得了良好的声誉，多次被评为市、区级先进单位，是北京市中药经营企业的一面旗帜。

1991年7月1日重张开业后，新的南庆仁堂药店古朴典雅、庄重大方，总建筑面积1000余平方米，营业面积200余平方米。成为一家批发零售各种中西成药、参茸保健品、饮片计4000余种，并代客加工粗细面、水丸、蜜丸、代煎中药、代客邮寄等服务项目的大型药品店。全店现有职工100余人，药学技术人员占三分之一，全年销售额1400万元。南庆仁堂的品种齐全，货真价实，服务周到吸引了越来越多的中外宾客。