土家族土司社会是以军政合一、兵农合一的形式组织起来的。旗是土家族土司社会的基层组织，也是基本军事单位。这种旗镇制度， 或称旗制，在土司统治时期，也存在于鄂西土家族地区。“旗各有长，管辖户口，分隶于各州司，而统辖于总司。有事则调集为兵，以备战斗，无事则散处为民，以习耕凿。”（清·严如煜《苗疆风俗志》）此所谓“聚则为兵，散则为民”（《明宣宗实录》卷8）。在这种直接管理户口的“旗”之上，建立着一套军政合一的治理体系。

如在容美土司统治体系中，宣慰使田氏之下，“其官属旗鼓最尊，以诸田之贤者领之。国有征伐，则为大将，生杀在掌，然平时亦布衣草履，跨驴而行，绝不类官长也。”以下则为五营，“其五营中军，则以应袭长子领之，官如副将。左右前后四营，同姓之尊行领之，如参游。下则四十八旗长官，如都司。又有领纛，主客兵，以客将为之。”在“旗”以下，则有一套不甚严格的任吏办法：“旗长下各有守备、千总、百户，名虽官任，趋走如仆隶。”（清·顾彩 《容美纪游》）

这里的所谓官、吏，与一般意义上的理解有很大差异，土家族土司统治的上层建筑中， 等级体制虽然森严，却也存在着不少“羲皇古风”。司主们往往“短褐芒鞋乏从人，官登三品类编民”。“以诸田之贤者”为之的“旗鼓”，“亦布衣草履”，在汉族文人眼中，“绝不类官长”。旗下小吏“趋走如仆隶”，也就不足为怪了。以至于背负入山来访的汉族文人顾彩行走的，也是一名“守备”。在此种体制下，土司辖区内所有民户，均属各旗镇管辖，“民皆兵也，战则自持粮糗， 无事则轮番赴司听役”（清·顾彩《容美纪游》），亦兵亦农。

旗镇制的基础是广大的土家族自耕农。就史册所载的一般状况而言，旗丁为土司属民， 其主要义务只有两方面，一是按季轮番赴司听役，“每季役止一旬，亦自持粮，不给工食，在役者免出战”（清·顾彩《容美纪游》）。二是遇有战事，自备粮食，出为战兵。

在土地和耕作制度方面，“其田任自开垦，官给牛具，不收租税”可以理解为在土司辖区内，旗丁可以自由垦种。这似乎与其土质与耕作制度有很大关系。“司中地土瘠薄，三寸以下皆石，耕种止可三熟，则又废而别垦，故民无常业，官不租税。”（清·顾彩《容美纪游》）这是一种一定范围内的游耕制度，土地不可能以固定形式分配给旗丁，只能是允许民户在辖区内开垦，游动耕作，因而，土司剥削土民的最佳方式，也只能是劳役和兵役。

旗镇制的治理体系，一般而言，较其土司对属民的管理为严。在刑法方面，也自有一套约定俗成的办法：“盖奸者宫，盗者斩，慢客及失期会者割耳，窃物者断指。”“重者径斩，当斩者，列五旗于公座后，君（土司田氏）先告天，反背以手掣之，掣得他色则皆可保救， 惟黑色则无救。”（清·顾彩《容美纪游》）这里既有原始习惯法的印迹，也是土司残暴嗜杀的表现。

由于实行了旗镇制度，土家族地区形成了一套有效的防御体系，旗丁训练有素，剽悍善战。

在对外防御上，广设哨台，实行狼烟报警。如容美司下五峰、水浕、石梁等司均听从其调遣。自高古村、菩提寨以西，皆有哨台，有警，放狼烟，此起彼应，半日即达于容美司治（光绪《长乐县志》卷十六）。

一般旗丁于农事之余，多有训练。“其兵皆素练习，闻角声则聚，无事则各保关寨。盔重十六斤，衬以厚絮，如斗大；甲重三十斤，利箭不能入。火枪打百步。一人搏虎，二十人助之 ，必以毙为度，纵虎者受罚。猎他兽亦如之，得禽则倍赏当先者。……其追敌，缘崖逾壁，务必擒之。”（清·顾彩《容美纪游》）

概言之，旗镇制度在土司时代存在于鄂西土家族地区，它是土司统治该地区的基层组织单位，这种军政合一、耕战合一的社会组织，与当地各族人民社会生活的方方面面紧密联系，影响深远，以至于改土归流百余年后，人们仍称某人为某旗后裔。（田发刚）